Родился 6 декабря 1863 года в селе Кичменгский Городок Вологодской губернии в семье священника. На 3-м году жизни, после смерти отца, был взят на попечение старшей сестрой Анной, вышедшей замуж за священника погоста Кобыльское-Ильинское (в 20 верстах от Кичменгского Городка).

Начальное образование получил в Кобыльской церковно-приходской школе и духовном училище города Никольска.

По окончании Вологодской духовной семинарии в 1884 году поступил в Московскую духовную академию, которую окончил в 1889 году. В академии учился не 4, а 5 лет, так как вследствие конфликта с руководством был уволен с 4-го курса, но в следующем году восстановлен.

В 1889–1890 годах оставлен профессорским стипендиатом по кафедре общей церковной истории под руководством профессора А.П. Лебедева для подготовки к занятию кафедры истории западных исповеданий. Специализировался на изучении института папства и церковной истории V – VI веков.

Преподавание. Научные и другие труды

Был назначен преподавателем Священного Писания в Воронежскую духовную семинарию.

В июле 1890 года удостоился ученой степени магистра богословия МДА, защитив диссертацию на тему: «Блаженный Феодорит, епископ Кирский: его жизнь и литературная деятельность». На основании отзыва В.В. Болотова, опубликованного в «Христианском чтении» в 1892 году, получил Макариевскую премию Учебного комитета при Святейшем Синоде. Болотов подчеркивал феноменальное трудолюбие Глубоковского, дисциплинированность, несомненную зоркость, умение доказать свою точку зрения. Вместе с тем и он, и другие рецензенты упрекали Глубоковского в «преувеличенности взглядов на Феодорита», находя, что чувство благоговения перед Кирским пастырем помешало объективно и беспристрастно оценить его личность и деятельность. Эту увлеченность предметом исследования многие рецензенты его трудов отмечали и впоследствии. Глубоковский отвечал на это: «Может быть... ибо нельзя вложить душу в какое-либо дело, не полюбив самого дела, которое, при том же, невольно завладевает вашими лучшими симпатиями, затрагивает самые благородные чувства вашего сердца».

После защиты диссертации был приглашен в Петербургскую духовную академию на кафедру Священного Писания Нового Завета. Указом Святейшего Синода в 1894 году был утвержден в должности экстраординарного профессора; а после 25 лет академической службы, с ноября 1916 года стал заслуженным ординарным профессором академии.

За сочинение «Благовестие святого апостола Павла по его происхождению и существу: Библейско-богословское исследование» совет МДА в декабре 1897 года присвоил ему степень доктора богословия. Впоследствии Глубоковский продолжал работать над этим сочинением, и оно достигло объема в 2500 страниц, при первоначальных 289.

После смерти профессора А.П. Лопухина, с октября 1904 года до 1911 года был редактором и цензором «Православной богословской энциклопедии», написал для нее несколько статей.

В 1905 году был избран членом епархиальной комиссии по подготовке к Всероссийскому Поместному Собору; позже был привлечен к работе комиссии по выработке нового устава духовных академий. В 1907–1908 годах работал в особых совещаниях по вопросу о реформе духовных школ и органов церковного управления. В 1907 году выпустил книгу «По вопросам духовной школы средней и высшей и об учебном комитете при Святейшем Синоде». Был редактором в журналах «Церковный вестник» и «Христианское чтение».

В 1892–1897 годах по поручению обер-прокурора Святейшего Синода К.П. Победоносцева Глубоковский пересматривал русский перевод Нового Завета, его указания и замечания были учтены Победоносцевым в работе над изданием Четвероевангелия в переводе на русский язык, напечатанном в 1903 году (на правах рукописи с пометкой «не для продажи»), а в 1906 году с разрешения Святейшего Синода. В 1914 году Синод поручил ему редактирование «Справочного и объяснительного словаря к Новому Завету» П.А. Гильтебрандта.

После революции

Весной 1918 года Глубоковский выступил одним из инициаторов присоединения Петроградской духовной академии к Петроградскому университету, разработал проекты необходимых документов (устав, программу занятий) и принимал участие в заседаниях комиссии по этому вопросу. Был командирован советом ПДА в Москву для выяснения дальнейшей судьбы академии и встречался с патриархом Тихоном.

В 1918 году читал лекции в Швеции в Стокгольмском университете, после возвращения в Россию работал в новообразованном Петроградском богословском институте и исполнял должность архивиста, архивариуса и редактора в бывшем Синодальном архиве.

Решение покинуть Россию, принятое в начале 1919 года, было продиктовано принципиальным нежеланием жить в «богопротивном» государстве. Глубоковский писал, что, если бы «достались мне все блага мира и утвердился теперешний безбожный насильнически-социалистический строй, — для меня невозможно будет жить при нем, и я обязательно уйду умирать в другое место. Такова для меня моральная необходимость». Решение уехать окрепло под влиянием известия о гибели старшего брата Александра, выпускника КазДА, который был взят в заложники большевиками и расстрелян в июне 1919 году в Уральске. Обстоятельства его смерти стали сильнейшим потрясением для Глубоковского. Кроме того, еще в декабре 1918 года друзья предупреждали его о возможности ареста и тюремного заключения.

В ноябре 1920 года женился на Анастасии Васильевне Нечаевой, вдове своего учителя профессора А.П. Лебедева.

Жизнь в эмиграции

В 1921 году вместе с женой выехал в Финляндию, оттуда в Германию, потом в Чехословакию, где занял должность профессора в Пражском университете.

В 1922 году переехал в Сербию, читал курс богословия в Белградском университете. В 1923 году принял предложение занять кафедру Священного Писания Нового Завета на богословском факультете Софийского университета (Болгария). В 1929 году был избран членом-корреспондентом Болгарской академии наук, почетным членом Библейского общества в Лондоне.

Глубоковский принимал участие в церковно-общественных событиях и в работе учреждений русской эмиграции, выступал на академических и студенческих конференциях.

С первых месяцев пребывания за границей в русской и иностранной печати появлялись его статьи о положении Православной Церкви в России. Великое страдание русского народа Глубоковский считал бедствием общехристианским. Он подчеркивал, что опасность эта «не частная и временная, а универсальная и принципиальная», поэтому необходимо объединить всех христиан в общем историческом подвиге, чтобы защитить мир «от антихристианского нашествия».

В эмиграции Глубоковский не принадлежал ни к одной из юрисдикций Русской Церкви, выступая на международных христианских встречах как официальный представитель Болгарской Православной Церкви. Тем не менее участвовал в работе церковно-педагогических и научных учреждений, создаваемых как Архиерейским Синодом РПЦЗ в Сремски-Карловци, так и отложившимися от него духовенством и мирянами, группировавшимися вокруг митрополита Евлогия (Георгиевского) в Париже. Принимал участие в деятельности Православного богословского Сергиевского института в Париже, неоднократно читал там лекции.

По приглашению Сербского патриарха Варнавы (Росича), бывшего своего ученика, регулярно посещал Сремски-Карловци. В 1934 году вошел в состав Ученого комитета, учрежденного при Архиерейском Синоде РПЦЗ и возглавленного митрополитом Антонием (Храповицким), с которым Глубоковский поддерживал личную переписку.

Скончался 18 марта 1937 года от болезни почек. Чин отпевания 20 марта в сослужении 5 епископов и 40 священников совершил митрополит Софийский Стефан (Георгиев), который в надгробной речи назвал Николая Никаноровича Глубоковского «величайшим авторитетом в библейской экзегетике православной богословской науки, любящим и верным сыном Церкви, могучим столпом Православия».

Отношение к экуменизму

Приветствуя межцерковные конференции, Глубоковский писал, что все подозрения против них «совершенно ошибочны или злонамеренны», ибо конференции не скрывают и не затушевывают конфессиональных разногласий, открыто исповедуя, что «без единства веры не может быть междуцерковного единения», их задача — «взаимное непосредственное ознакомление и свойственное ему сближение», в результате которого устраняются существующие взаимные недоразумения и соблазны. Это он писал в 1926 году. Сейчас, через 100 лет можно увидеть, что ничего этого не произошло.

Глубоковскому принадлежит более 20 статей по вопросам межцерковного единения, опубликованных на многих языках. Он был принципиальным сторонником единения христианских Церквей. Но опыт непосредственного общения на Западе привел к скептическим оценкам человеческой составляющей этого процесса.

Письменное наследие. Взгляды

Полная библиография работ Н.Н. Глубоковского насчитывает около 1000 наименований, включая монографии, журнальные и газетные статьи, библиографические заметки, рецензии и отзывы.

Центральное место в творческом наследии Глубоковского занимает изучение деяний и творений святого апостола Павла. Еще в 1896 году на ежегодном академическом акте в СПбДА он произнес речь «Обращение Савла и “Евангелие” святого апостола Павла».

В 1902 году вышла книга Глубоковского «Благовестие христианской свободы в послании святого апостола Павла к Галатам: Сжатый обзор апостольского послания со стороны его первоначальных читателей, условия происхождения, по содержанию и догматически-историческому значению». Часть книги была тогда же переведена на английский язык. Глубоковский был удостоен за эту работу 2-х Макариевских премий — в 1902 и 1904 годах.

Плодом многолетних исследований стал фундаментальный труд «Благовестие святого апостола Павла по его происхождению и существу» (1905–1912), начатый еще в 1890-х годах.

Вопрос о значении для христианства личности апостола Павла был поднят в середине XIX века на Западе. Представители протестантского богословия утверждали, что апостол создал систему своего христианского учения на основании современных ему философских и богословских знаний и что христианство, таким образом, «есть миф, обязанный своим возникновением Савлу из Тарса, человеку физически больному и душевно не уравновешенному». Глубоковский же писал, что «во всей истории мира едва ли возможно найти столь высокую личность по своему всеобъемлющему и непреходящему значению как святой апостол Павел», в благовестии Павла он видел «ключ и к Евангелию Христову и к истории Церкви христианской», указывая, что «фактически благовестие Христово воспринимается и усвояется нами чрез апостольское». Глубоковский взял на себя труд опровергнуть выводы рационалистической критики. По словам рецензента М.Э. Поснова, Глубоковскому «предстояла прямо Геркулесова работа», ибо «рационалистами учение апостола Павла раздергивается просто по нитям, и каждая нить старательно прикрепляется или к иудейству, или к талмудизму, или к эллинизму, или в частности к (греко)-римскому стоицизму», в которых они находили истоки учения апостола Павла. Исследуя обширный материал, Глубоковский доказывал, что христианство не есть результат естественного историко-религиозного развития. По пунктам изложив и разобрав все построения протестантской критики, он выяснял истинное понимание и значение учения святого апостола, заключая, что и по происхождению и по содержанию оно «не зависит от естественных условий и обычных факторов, а постулирует к причинам высшим и имеет Божественную природу».

Работу «Благовестие христианской славы в Апокалипсисе святого апостола Иоанна Богослова» Глубоковский завершил за год до кончины, в январе 1936 года. Спустя 30 лет лекции об Апокалипсисе были изданы учеником Глубоковского, одним из иерархов Русской Церкви за границей, архиепископом Аверкием (Таушевым). По собственному признанию Глубоковского, труд об Апокалипсисе пугал его «каким-то мистическим страхом заглядывать в вечность». Лекции Глубоковского об Апокалипсисе отразили его раздумья и переживания, вызванные происшедшими в России и в мире событиями. Он признал смуты и катастрофы необходимым «жертвенным процессом» мировой истории, ход которой определяет «существующее соотношение взаимно противоположных сил» — христианства и антихристианства. По мнению Глубоковского, главным выразителем последнего является «неверующее и воинствующее иудейство. Оно непрерывно подкапывает и взрывает всю мировую историю». Глубоковский писал, что «задачей мирового развития могло быть только полное возобладание благодатно-спасительного добра, но в нашем мире, среди ограниченных существ, всё это совершается с медленною и колеблющеюся постепенностью и достигается лишь преодолением и устранением зла в постоянной всесторонней борьбе с ним во всех областях и на всех жизненных путях».

Мировую историю Глубоковский воспринимал как приготовление «для получения небесного гражданства», как «фактическое подготовление, медленное и непроразумеваемое, и потому неведомое раньше реализации», как «колебательно-хронологическое течение мира», происходящее во времени «чрез повторные и даже многократные напоминания и видения по требованиям Божественно-спасительной педагогики».

В основе исследований Глубоковского по Новому Завету лежит историко-филологический метод. Он исходил из научной аксиомы, что всякий литературный памятник обязательно следует толковать в духе его составителя.

Сочинениям Глубоковского присуща энциклопедическая широта и тщательная проработка деталей, привлечение всей существующей по исследуемому вопросу литературы, критический подход к источникам и выводам своих предшественников, самостоятельность и глубина мысли, точный и образный богословский язык.

Еще одним направлением научной деятельности Глубоковского было изучение Септуагинты. Еще студентом 3-го курса МДА он написал семестровое сочинение о сравнении греческого перевода 70-ти и еврейских текстов и продолжал заниматься этой проблемой в дальнейшем. Он считал ее одной из труднейших и важнейших в библейской науке и замечал, что «культом еврейской Библии ученый мир обязан протестантам, которые руководились соображениями далеко не чисто научного свойства» и что достоинство греческого перевода 70-ти имеет солидные основания «и может быть утверждено на вполне объективных аргументах»

Христианин и ученый неразрывно соединены в личности Глубоковского, утверждавшего, что «все в мире христоцентрично» и исповедовавшего в качестве основного методологического принципа неразрывность веры и знания. Глубоковский доказывал не только «равноправность» христианской науки, но и «ее единственность... в качестве необходимой, жизненной стихии всякой учености, чего бы она фактически ни касалась».

Главной сферой своей деятельности Глубоковский полагал труды «педагогически-профессорского и научно-литературного служения». И то, и другое почиталось им, по собственному признанию, «как бы священнослужением».